В период между Общими собраниями акционеров Наблюдательный совет является высшим органом управления НРД, который осуществляет стратегическое управление деятельностью компании, контроль за её финансово-хозяйственной деятельностью и утверждает бюджет НРД.
НРД осуществляет функции центрального депозитария на российском фондовом рынке в соответствии с Федеральным законом от 07.12.2011 № 414-ФЗ «О центральном депозитарии». Мажоритарным акционером компании является ПАО Московская биржа (99,997%), остальные акции распределены между ведущими участниками рынка ценных бумаг, каждый из которых владеет одной акцией. 30 июня 2011 года в отношении НРД подписано акционерное соглашение, которое закрепило особый порядок управления данной Компанией для обеспечения баланса интересов мажоритарного и миноритарных акционеров.
